سال 1376 بود که مسئولین «نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها» تصمیم گرفتند برای نشر کتاب‌هایشان یک انتشارات راه بیندازند. اینجا بود که نشر معارف در تهران متولد شد. آن اوایل، نشر معارف فقط کتاب‌های درسی و عمومی دانشگاه‌ها و برخی کتاب‌های محدود را چاپ و منتشر می‌کرد. تا اینکه سال 1379 نشر معارف تصمیم به فعالیت گسترده‌تر می‌گیرد.

از سال 1379 تا الآن، نشر معارف با راه‌اندازی 4 واحد و میز «معارف و اهل بیت(ع)»، «روانشناسی و تربیت»، «ادبیات و داستان» و «سیاسی-اجتماعی»، چیزی حدود 1500 عنوان کتاب منتشر و روانه بازار نشر کرده است. از میانه‌ی دهه 90 تا کنون، نشر معارف رسالت خودش را نشر اندیشه‌ی «اسلام ناب محمدی» قرار داد و در زمینه معارف اسلامی، تاریخ، نقد غرب، عدالتخواهی و تربیت، انتشار آثار اساتید مشهور انقلابی را در پیش گرفت و در زمینه ادبیات نیز یکی از پیشگامان حمایت از نویسندگان نوقلم شد.

نشر معارف از سال 1386، مجموعه پاتوق کتاب را ابتدا به عنوان یک واحد توزیع اختصاصی و سپس به عنوان مجموعه مستقل «فروشگاه‌های زنجیره‌ای پاتوق کتاب» راه‌اندازی کرد که هم‌اکنون بیش از 40 شعبه در سراسر کشور دارد.

دفتر نشر معارف در اسفندماه سال 1400، با اعلام تغییر هویت بصری و سازمانی، به «موسسه فرهنگی-هنری نشر معارف» تغییر نام داد و چشم‌اندازی بین‌المللی با شعار «فراتر از خواندن» برای خود انتخاب کرد.

نشر معارف هم‌اکنون، سالانه حدود 100 عنوان کتاب غیر درسی منتشر می‌کند و مجموع تیراژ کتاب‌های جدید نشر معارف چیزی حدود یک میلیون و یکصدهزار جلد است که هرسال رو به افزایش است.